Nieprzestrzeganie przyrodniczych konwencji i porozumień międzynarodowych. Polska nie uczestniczy aktywnie w światowych działaniach na rzecz ochrony przyrody i na wielu polach nie przestrzega podjętych zobowiązań. W odniesieniu do większości podpisanych i ratyfikowanych konwencji oraz porozumień mamy opóźnienia w ich realizacji
Słabe postępy we wdrażaniu sieci Natura 2000. W porównaniu z innymi krajami UE oficjalny polski projekt sieci zajmuje najmniejszy procent obszaru kraju. Zgodnie z oceną dokonaną przez Komisję Europejską, zaledwie dla 10 proc. występujących w Polsce gatunków i siedlisk o znaczeniu wspólnotowym sieć ta jest wystarczająca.
Iluzoryczność krajowej strategii ochrony różnorodności biologicznej. Co prawda mamy Krajową strategię ochrony i umiarkowanego użytkowania różnorodności biologicznej wraz z programem działań, jednakże jest to dokument martwy. Nawet przy konstruowaniu kluczowych dla ochrony przyrody programów nie bierze się tej strategii po uwagę..
Dokumenty strategiczne i planistyczne w gospodarce nie uwzględniają ochrony przyrody, w tym Celu 2010. Polska, podobnie jak inne strony Konwencji o Różnorodności Biologicznej oraz wszystkie państwa UE, zobowiązała się do realizacji tzw. Celu 2010 – zatrzymania do roku 2010 utraty różnorodności biologicznej. Jednak kraj nasz jest daleki od jego realizacji i nie podejmuje rzeczywistych starań w tym kierunku. Obecnie przyjmowane są programy działania, strategie i plany różnych szczebli, wykraczające daleko poza horyzont czasowy roku 2010, a lekceważące konieczność realizacji strategicznych celów w stosunku do różnorodności biologicznej.
Słaba pozycja ochrony przyrody w administracji państwowej. Interesy ochrony przyrody są słabo reprezentowane zarówno na poziomie ministerialno-rządowym, jak i wojewódzkim. Pozycja Ministerstwa Środowiska wydaje się słaba w porównaniu z innymi resortami, a w samym MŚ potrzeby ochrony przyrody wydają się zdominowane przez interesy innych działów ochrony środowiska oraz gospodarki wodnej. Na szczeblu wojewódzkim słaba jest zazwyczaj pozycja wojewódzkich konserwatorów przyrody.
Folgowanie lokalnym egoizmom. Zbyt często myli się uczciwe i partnerskie traktowanie lokalnych społeczności z dawaniem im całkowitej swobody w decydowaniu o losach zasobów przyrodniczych o znaczeniu ponadlokalnym. Przyroda to dobro ogólnonarodowe, ogólnoświatowe. Ochrona przyrody czasami oznacza konieczność zabezpieczania jej przed krótkowzrocznymi zachciankami inwestorów, polityków, grup interesu.
Niedostateczny system społecznych konsultacji ważnych decyzji. Brak praktyki oraz uczciwej i merytorycznej dyskusji publicznej o ważnych sprawach ochrony przyrody. Konsultacje społeczne traktowane są wyłącznie jako wymóg formalny – sprawia to wrażenie lekceważenia, prowadzi do antagonizowania potencjalnych sojuszników w działaniach na rzecz ochrony przyrody.
Słaba współpraca administracji ze środowiskami naukowymi i pozarządowymi. Pozarządowe organizacje to potencjalny silny sojusznik Państwa w ochronie przyrody. Tymczasem przez organy ochrony przyrody są one w praktyce najczęściej traktowane a priori jako przeciwnik. Podobnie negatywny jest często stosunek do środowisk naukowych. Opinie sprzeczne ze stanowiskiem reprezentowanym przez administrację są traktowane jako ataki i podważanie autorytetu władzy.