Brak jasno wskazanej odpowiedzialności za stan przyrody. Poza parkami narodowymi i krajobrazowymi, nie ma w Polsce instytucji analogicznej do sprawdzającego się na świecie „zarządzającego obszarem”, który troszczyłby się o określony obszar chroniony i byłby odpowiedzialny za jego stan. W rezultacie rozmywa się odpowiedzialność za stan rezerwatów przyrody czy obszarów Natura 2000.
Brak struktur wykonawczych w ochronie przyrody. Organy ochrony przyrody są prawnie organami administracji. Do ich obowiązków należy przede wszystkim wydawanie zgodnych z prawem decyzji i egzekwowanie przestrzegania zakazów. Poza parkami narodowymi brakuje natomiast struktur, które profesjonalnie zajmowałyby się wykonywaniem ochrony przyrody – mogłyby troszczyć się o stan chronionych obiektów i obszarów, monitorować zmiany, inicjować niezbędne działania itp.
Parki narodowe w stanie kryzysu. Struktura formalno-organizacyjna parków narodowych uniemożliwia racjonalne zarządzanie nimi i pozyskiwanie środków zewnętrznych. Dyrekcje parków obciążone są wieloma zadaniami niemerytorycznymi. Niemal całość funduszy przeznaczana jest na bardzo niskie uposażenie pracowników oraz utrzymanie rozbudowanej infrastruktury dyrekcji parków.
Prawo liberum veto dla samorządów wobec ochrony przyrody. Zgodnie z obecnymi przepisami, nie można utworzyć ani powiększyć obszaru chronionego bez zgody zainteresowanych samorządów. Wystarczy niechęć jednego samorządu, aby walory o znaczeniu narodowym czy światowym nie mogły być skutecznie chronione.
Nietrwałość obszarowych form ochrony przyrody tworzonych przez samorządy. Obszarowa ochrona przyrody powinna mieć charakter długoterminowy i trwały. Tymczasem dochodzi do sytuacji, w której gminy najpierw powołują, a po zmianie władz albo pod naciskiem społeczności lokalnej lub inwestorów, likwidują obiekt chroniony.
Niewystarczające powiązanie ochrony przyrody z zagospodarowaniem przestrzeni. Wymogi ochrony przyrody i krajobrazu nie są skutecznie przenoszone do studiów i planów zagospodarowania przestrzennego. Ograniczony obowiązek uzgadniania planów zagospodarowania przestrzennego dotyczy tylko niektórych form ochrony przyrody. Żadne uzgodnienia nie są wymagane np. dla rezerwatów przyrody ani dla obszarów Natura 2000.
Traktowanie gospodarki leśnej jako nadrzędnej w zarządzaniu niektórymi formami ochrony przyrody. Popierany przez Ministerstwo Środowiska jest pogląd, że w parkach krajobrazowych, na obszarach Natura 2000 i na obszarach chronionego krajobrazu gospodarka leśna nie musi ani nie powinna być modyfikowana ze względu na potrzeby ochrony przyrody. Podejście takie uniemożliwia realizację istotnych celów ochrony.
Nieskuteczność procedur ocen oddziaływania na środowisko w stosunku do ochrony przyrody i brak pełnej implementacji dyrektyw UE dotyczących tego zagadnienia. Europejskie przepisy dotyczących ocen oddziaływania na środowisko są w polskim prawie uwzględnione w sposób niepełny lub niewłaściwy. Nie wszystkie projekty i plany, mogące mieć istotny wpływ na walory obszarów Natura 2000, podlegają w praktyce ocenom oddziaływania na środowisko. Powszechnie obserwowane jest także pomijanie lub marginalizowanie w ocenach oddziaływania na środowisko problemu wpływu inwestycji na różnorodność biologiczną.
Zasady ochrony gatunkowej sprzeczne z przyrodniczymi Dyrektywami UE. Zapisy ustawy o ochronie przyrody dotyczące ochrony rodzimych gatunków są sprzeczne z przepisami Dyrektywy Siedliskowej, Dyrektywy Ptasiej, a także z orzecznictwem Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości związanymi z tymi Dyrektywami (np. przyzwolenie na zabijanie niektórych gatunków ptaków w okresie lęgów). Polska ochrona gatunkowa to tylko system zakazów, w części nie przestrzeganych, podczas gdy Dyrektywy UE wymagają skutecznego systemu, gwarantującego rzeczywistą ochronę gatunków. W Polsce ochroną objęto jedynie gatunki występujące dziko w naszym kraju. W ten sposób Polska nie tylko łamie prawo wspólnotowe, ale i przyczynia się do wymierania zagrożonych gatunków w innych krajach.
Niewielki stopień egzekwowania przepisów karnych. Zwalczanie przestępczości związanej z ochroną przyrody jest dość skomplikowane, ze względu na złożoność przepisów polskich i unijnych oraz konieczność posiłkowania się ekspertyzami przyrodniczymi. Sprawy karne dotyczące niszczenia obiektów chronionych są często umarzane.
Brak jednej straży lub policji przyrodniczej. W Polsce działają straże: miejskie, leśna, parków narodowych, łowiecka i rybacka; inspekcje: ochrony środowiska, weterynaryjna, fitosanitarna; a także służba celna. W odniesieniu jednak do handlu okazami chronionych gatunków lub łamania innych przepisów ochrony przyrody często okazuje się, że żadna z tych służb nich nie jest kompetentna. Brak jednej służby ścigającej przestępstwa i wykroczenia przeciwko przyrodzie.
Centralizacja wydawania zezwoleń na odstępstwa od zakazów. Obecnie większość zezwoleń na odstępstwa, np. od zakazów związanych z ochroną gatunkową czy na inne działania podlegające ograniczeniom, wydaje Minister Środowiska. Obejmuje to także takie czynności, jak np. preparowania martwych zwierząt. Prowadzi do bardzo długiego czasu oczekiwania na decyzje oraz niskiego merytorycznego poziomu ich rozpatrywania.
Znikome uprawnienia służb parków krajobrazowych. Ustawa o ochronie przyrody nadaje służbom parków krajobrazowych bardzo małe uprawnienia. W połączeniu ze szczupłością kadr i środków, znacząco obniża to ich zaangażowanie w konkretne zadania ochronne w terenie, inwentaryzację oraz monitoring przyrodniczy.
Nieskuteczna ochrona korytarzy ekologicznych. W polskim prawie brak skutecznych narzędzi dla odtwarzania i ochrony elementów krajobrazu, umożliwiających dyspersję zwierząt i roślin, oraz zapewniających łączność między siedliskami. Potrzeba zachowania lub odtwarzania korytarzy ekologicznych nie jest wystarczająco uwzględniana w procedurach planowania przestrzennego, opracowaniach ekofizjograficznych oraz przy podejmowaniu decyzji lokalizacyjnych czy dotyczących zalesiania.
Brak otulin oraz ich znikome znacznie ochronne. Wokół wielu parków krajobrazowych i rezerwatów nie utworzono stref ochronnych w formie otulin lub tworzone są otuliny zbyt małe. Często zbyt małe są także otuliny parków narodowych. Ponadto ustawa o ochronie przyrody i inne ustawy wprowadzają znikome rygory ochronne w otulinach.
Brak prawnych gwarancji dla prywatnych form ochrony przyrody. Forma, która ma w Polsce i na świecie długą tradycję i zasługi – prywatne (należące do osób fizycznych lub prawnych – np. stowarzyszeń) sanktuaria (rezerwaty) przyrody – nie ma w polskim prawie żadnego umocowania. W związku z pozbawieniem gwarancji trwałości, forma ta jest wykorzystywana w znikomym stopniu, podczas gdy mogłaby stanowić cenne uzupełnienie państwowego systemu obszarów chronionych.
Konflikty wynikające z form własności terenów chronionych. Brak woli politycznej, środków i konsekwentnych starań w celu wykupienia, wymiany lub wywłaszczenia gruntów szczególnie cennych przyrodniczo (np. w parkach narodowych), co jest jedną z głównych przyczyn konfliktów lokalnych. Własność niektórych obszarów chronionych jest przekazywana gminom, co znosi władztwo organów rządowych nad tymi obszarami i obiektami.
Niektóre przepisy hamują niezbędne działania ochronne. Częstą przeszkodą w prowadzeniu niezbędnych prac hydrotechnicznych związanych z ochroną czynną są zbyt restrykcyjne (nie uwzględniające celów ochrony przyrody) przepisy prawa – w szczególności budowlanego, uniemożliwiające np. budowę nawet prostych, nietrwałych zastawek piętrzących bez kosztownych prac projektowych i geodezyjnych. W podobny sposób przepisy chroniące grunty leśne przed wylesianiem skrajnie utrudniają usunięcie upraw leśnych, błędnie wprowadzonych np. na torfowiskach lub murawach kserotermicznych.
Kryzys ochrony krajobrazu. Polska nie przestrzega Europejskiej Konwencji Krajobrazowej i nie transponowała jej do polskiego prawa. Z ustawy o ochronie przyrody wykreślono większość zapisów dotyczących ochrony krajobrazu. Zagadnienie to nie jest uwzględniane przy planowaniu zagospodarowania przestrzeni i w związanych z tym przepisach.
Pozorna ochrona obszarów chronionego krajobrazu. Obszary chronionego krajobrazu, zajmujące w Polsce największą powierzchnię spośród wszystkich form ochrony, są „chronione” praktycznie tylko z nazwy.
Brak prawnej regulacji formy ochrony „narodowy geopark”. Geoparki to międzynarodowa, wieloprzestrzenna forma kompleksowej ochrony dziedzictwa geologicznego, podlegająca kompetencji UNESCO. Jest ona coraz szerzej stosowana – od 2000 r. utworzono 28 geoparków w Europie i 20 poza nią. Polskie prawo nie uwzględnia powoływania narodowych geoparków, ani innych porównywalnych form ochrony.